Anlatımınızda hata var.
TMR0 kesmesi mi yoksa RB0 kesmesi mi geldiğine baktınız, ona göre başka bir satıra atladınız. o rada diğer kesme geldi diyelim (RB0 kesmesi olsun). siz ilk duruma ait (TMR0) kesmeden çıktığınız anda rb0 kesmesine ait flag aktif olduğu için kesmeden çıkar çıkmaz tekrar rb0 için kesme rutinine girersiniz.
TM0 kesmesini işlerken b0 a bağlı butona basıldığında bunu pas geçsin istiyorsanız diğer kesme rutininin sonunda rb0 kesme flagini sıfırladıktan sonra kesmeden ayrılın.