Bu sorun, genellikle özel protokol kullanılmayıp, uart tabanlı haberleşme yapılırsa yaşanır. Eğer düşündüğüm gibi ise; sorunsuz bir sistem için kendi haberleşme protokolünüzü tasarlamanızı şiddetle öneririm.
Eğer uart kullanmıyorsanız;
preamble ve senkron datalarından sonra, controllerın data yakalamaya ve işlemeye başlamasını tetikleyecek bir header paketi gönderebilirsiniz. Bu arada data paketlerini uzun tutmanız(bit olarak) güvenliği artırırken mesafeyi kısaltır ve hatalı alımlarda tekrar gönderim ister.
Ya hız, ya güvenli iletişim bir gibi bir seçim yapmak durumunda kalınır genellikle. Siz de tercihinizi belirtirseniz ,ona göre önerilerde bulunmak daha doğru olur.