Resimden göremedim. Motorları kaç voltla besliyorsun. ?
Gerilim şeklinde, faz sıralamasında sorun yok. Ama devreyi tam olarak simule etmen için motor da bağlaman gerekli. Motor olmasada kullanacağın motorun direncine yakın bir kaç ohm direnc de bağlayabilirsin. Yoksa PWM oluşmayacak.
IR2104 booststrap tekniği ile çalışan sürücü. Dolayısı ile %100 PWM duty uygulanamaz. Scopta gördüğün dalga şekilleri daha yüksek frekansta PWM li olmalı.
PWM i sağlayacak olanda 0.2ohm luk shunt dirençleri ile Vref bacağındaki gerilim.
Bir önemli konuda Boost kapasitesi seçimi. Hesaplamak istersen 2104 App.Note larına bi bak. Genelde 1uF gibi birşey uygundur. Diyot olarak Motor besleme gerilimine uygun hızlı ve yüksek akımlı bir diyot olur. uf4007 vs. yada schottky.