RTU'ların çalışma prensibi PLC'den farklıdır. RTU'lar PLC'lerden farklı olarak programlanmazlar, parametrelendirilirler. PLC'lerde tüm sinyallerin tanımlanması ve tanımlanan sinyallerin ilgili prosese yönelik olarak belli bir sıra dahilinde işlenmesi yani programlanması gerekir. RTU'lar da ise saha veriler sadece sinyal yapılarına göre (dijital veya analog; tekli veya ikili durum sinaylleri vb.) tanımlanır. Bunların işlenmesi için bir program yazılmaz. Verilerin yapılarına göre tanımlanması ise bir parametrelendirme işlemidir. Aynı bir koruma rölesinin parametrelendirilmesi gibi. Geri kalan tüm işler RTU'ların içerisinde donanımsal olarak yapılmaktadır. Bu nedenle RTU'lar içerisinde bir program koşmadığından bir döngüden de bahsedilemez. Bu da PLC'lerden farklı olarak algılanan sinyallerin algılandıkları zaman saatiyle etiketlenmelerini sağladığı gibi, döngüsüz çalışmasından dolayı herhangi bir sinyalin algılanmaması riskini ortadan kaldırır. Bunların sonucu olarak sinyaller PLC'lerden farklı olarak, hepsi oluştukları anda etiketlenir (PLC'silerde ise hepsi aynı t0 anında algılanacaklarından, hepsi aynı zaman işareti ile etiketlenecektir).RTU'ların bu özelliklerinden dolayı, sinyallerdeki durum değişiklikleri, diğer bir deyişle oluşan sinyaller, 1 milisaniye hassasiyetle etiketlenirler. Bu özelliğin bize elektrik şebekesi işletmeciliğinde sağladığı bir çok avantaj vardır. Öncelikle bu özellik sayesinde doğru bir arıza teşhisi yapılabilinir. Kesicilerin açma sürelerinin 80-100 milisaniye arasında olduğu düşünülürse, aynı anda açan fiderlerden hangisinin önce açtığı dolayısıyla hangi fiderin arızaya sebep olduğu, ancak bu kadar hassas bir sistemle teşhis edilebilinir. Böylece bu da bize arıza kronolojisi çıkarma şansı tanır ki, ileride meydana gelebilecek arızalar için önceden önlem alınabilsin. PLC'lerdeki döngü süreleri, yazıldıkları programın boyutuna bağlı olarak, 40 ile 500 milisaniye olabilir. Diğer bir deyişle, elektrik SCADA'sında veri toplama ünitesi olarak PLC'Lerin kullanılması durumunda, yukarıda bahsedilen arıza teşhisini yapma şansı hiç yoktur.
PLC'ler ile RTU'ları birbirinden ayıran bir diğer özellik ise donanımsal farklılıklarıdır. PLC'ler proses otomasyonu için geliştirildiklerinden dolayı, çalışma ortamları büyük çoğunlukla fabrikaların üretim kısmındadır. Diğer bir deyişle A.G. seviyelerinde çalışırlar ve kısmen bu seviyede çalışan ekipmanlardan veri toplarlar. Elektrik SCADA'sında ver toplanacak noktalar ise çoğunlukla O.G. ve Y.G. şalt tesisleridir. Bu tesislerde ki manyetik alan ise, IEC standartlarına göre, 2kV seviyesindedir. Özellikle bu manyetik alanlar, kesici açma veya kapamalarında ortaya çıkmaktadır. Oluşan bu manyetik alanlar yüzünden, sinyal veya haberleşme kablolarında gerilim indüklenmesine sebep olurlar. Bu da modüllerin arızalanmasına veya aslında gerçek olmayan sinyallerin gerçekmiş gibi algılanmasına sebep olur. RTU'lar ise bu manyetik alanlardan kaynaklanan arızalara karşı özel olarak dizayn edilmiştirler. İzolasyon seviyeleri minimum 2kV'tur. Bu izolasyon seviyesi RTU'nun sadece sinyal modülleri için değil tüm RTU modülleri için geçerli olmak zorundadır. Benzer şekilde, RTU'lar herhangi bir durum değişikliğinin gerçekten bir sinyal mi yoksa, manyetik alandan dolayı sinyal kablolarında indüklenen bir gerilim mi olduğunu donanımsal olarak kontrol ederler. Bu kontrol, sinyal gerilim seviyesinin kontrolü ve nominal sinyal gerilim seviyesinde belli bir süre boyunca kalıp kalmadığını kontrol eder. Örnek olarak bir kesici açtığında açıktı bilgisi 48V DC olarak RTU'nun dijital giriş modülüne gönderilir. Bunun gerçek bir sinyal olup olmadığını anlamak için RTU sinyalin gerilim seviyesini ölçer. Eğer ölçülen sinyalin gerilim seviyesi nominal gerilimin %80'inden fazla ise ve %80'nin üzerinden ayarlanabilen bir süre kadar sürekli kalabiliyorsa (1ms, 8 ms, 16ms, ...) RTU bunun gerçek bir sinyal olduğunu algılar. Böylece gerçek olmayan sinyaller ise gerçek sinyaller birbirinden ayrılır ve yanlış uygulamaların veya yanılmaların önüne geçilir.
